動物が生きていくのに腸内細菌などの常在菌の働きが欠かせないのと同様に、本来、植物にとって微生物の働きは必要不可欠なものです。
そのようなお互いに支え合っているような関係は「共生関係」と呼ばれます。菌類の菌糸が植物からの光合成産物である炭素源（ブドウ糖・ショ糖）を供給してもらい、その代わりに、土壌中の窒素やリンを植物に必要な栄養素として提供します。

「エンドファイト」とは、ギリシャ語の「endo（内部の）」「phyte(植物)」という意味で、植物の中に入ることのできる微生物（内生菌）一般を指します。
エンドファイトは、苔から樹木にわたり、あらゆる種類の植物の根の中に入り、植物と共生します。

微生物の叢（そう）と呼ばれる微生物の住処にはたくさんの微生物のつながりがあり、 植物と共生関係を持つエンドァイトの中には、リーダー役、脇役など様々な特性を持つものが存在することがわかってきました。

ある植物にとって、より良いエンドファイトを根付かせる（培養する）ことができれば美味しい作物が育つことになると思います。
その際、先に定着しているという理由だけで、他の菌の侵入を防ぐという「先住効果」が認められているため、 植物が発芽して育っていく初期の段階で微生物を根付かせることが重要となります。